一、水产养殖主要次生灾害
1、破堤倒埂。养殖圩堤、池埂因长期受雨水浸泡变得松软，一旦水位落差大，极容易造成圩提破口、池埂倒塌。
2、水源污染。洪水过境上游的污染源也随之进入境内水域，造成养殖对象中毒。
3、水体缺氧。暴雨前大气压低，暴雨后上下水层温度剧变，极易造成上下水层对流，底层低氧水携带底部大量的残饵、粪便等有机质向上流动，使整个池塘都处于低氧状态。
4、水草烂、死。暴兩后水位猛涨，光合作用减弱，蟹池水草极易烂根浮起；水花生等被风吹至下风口，螃蟹缺少附着物，长期在低氧环境中免疫力下降。
5、应激反应。讯期水位、温度、溶氧等因子变化较大，养殖动物尤其是露天池养殖的南美白对虾极易产生应激反应。
二、对次生灾害采取的应对措施
1、注意水位落差，防止破堤倒埂。加强巡查，密切掌握内外水位落差，及时补缺堵漏，池塘水位过高时定期排水，与外河水位保持较小的落差。对损坏的大棚、网围设施及时加固或重搭支架，修补网片。
2、关注外源污染，防止养殖品种中毒。汛期过后及时清除水源、进水口除的漂浮杂物，池塘进水时要查清水源是否被污染。最好采取生物制剂调节池水，不要轻易加水、换水。
3、修复增氧设备，备足增氧剂。维护电力设施，保持正常供电，根据养殖池溶氧状况，正确使用增氧机。高效养殖的大棚要备用发电机组，一般养殖户要存储一些氧原子、速氧宝等增氧剂，以备应急时使用。
4、管护好水草，增加附着物。特别是大纵湖网围养殖区，除固定部分水花生外，可用毛竹挂一些网片，供河蟹附着。
5、减少水生动物应激。饵料中添加五黄解毒散、本草康泰、五黄应激王等保肝护胆、增强免疫的药物进行投喂。
三、近期水产养殖管理要点
1、水质管理。养殖池塘待外围水位下降后及时调整到正常水位，调节池水的酸碱度保持在适宜的范围，可用生石灰进行调节。
2、饵料管理。因受环境突变，养殖生物体应激大，灾后应加强投喂优质饵料，鱼虾蟹类应投喂全价配合饵料，提高机体的抗病力，投饵要坚持“四定”的原则。
3、药物消毒。讯期过后，对养殖池水，进排水沟进行一次全面的消毒处理，可选用碘灵、消净灵，消毒后过几天，可投放水质调节剂、底质改良剂，如底净宝、池底净。集约化养殖池应补充有益微生物净化水质，调节氨氮，修复菌相和藻相平衡。对养殖水生动物的寄生虫病，可用硫酸铜硫酸亚铁粉等药物消灭或驱除水体寄生虫。可用硫酸锌粉杀灭或消除河蟹、虾类等的固着类纤毛虫。
4、死体处理。对于动物尸体一定要及时收集并深埋处理，并做好隔离的各项工作，防止腐烂传播疾病。