水体消毒处理后，在约10小时内水体条件致病菌（如弧菌）明显下降，但24小时后条件致病菌的数量要比没有消毒前高，形成高反弹现象，形成条件致病菌的胁迫。同时，消毒也使部分藻类死亡，导致氨氮升高，形成氨氮胁迫。在消毒后需要尽快使用底质改良剂（底净宝、活力黑精灵、粒粒净）进行处理，使用底质改良剂后，消毒24小时后条件致病菌的数量要比消毒前明显下降，解除条件致病菌的胁迫，同时也不会形成氨氮的胁迫。当然，消毒后18小时后，要施用多种藻类培养剂（氨基酸养水宝、藻生源、速效碳源、调水专家、新型肥水膏等）和益生菌及其培养剂（生科一号+生物发酵包、生物养水王、EM活菌王、分解底改菌等），形成稳定的新的生态系统。